Con la caída de la producción minera, centros productores son abandonados y los pueblos desmontados, quedando como testimonio sus galerías y piques, con los vestigios de la vida que se desarrolló en el lugar.
Tras ello, Alto Hospicio estaría ligado al tránsito de mulas y ferrocarriles hacia los diversos cantones salitreros. Por ello, se construye un trazado ferroviario con una serie de estaciones y actuando como lugar de descanso y abastecimiento, desde y hacia las oficinas salitreras que se proveían o embarcaban a través de Iquique.
El nombre de Alto Hospicio, se comenzó a utilizar desde mediados del siglo XIX y es concordante con otros puntos de la Cordillera de la Costa o de las proximidades del litoral, que cumplieron roles similares, es decir, ser territorios o zonas en que era posible descansar antes de acceder a la costa o emprender viaje hacia el interior. Son varios los puntos que llevan esta denominación, como por ejemplo, Pisagua, Arica, Tacna, entre otros.
Uno de los hitos de la historia de Alto Hospicio del siglo XX, estuvo marcada por la instalación de la base área Los Cóndores en 1926. También a fines de los años 50 se registraron los primeros asentamientos de parceleros, que dirigieron su producción hortícola hacia Iquique, agregándose corrales y talleres artesanales.
En los últimos 20 años, Alto Hospicio ha sufrido un intensivo proceso de crecimiento, llegando a ser declarada comuna el 22 de abril del 2004, comenzando a escribir su propia historia y a proyectarse con posibilidades concretas.
El territorio que ocupa actualmente la comuna, fue un lugar obligado de tránsito para los primeros habitantes de la zona. Se estima, que la primera vía de acceso utilizada, se situaba en la Quebrada de Huantaca hacia el norte, por donde descendieron los primeros grupos de cazadores recolectores hace más de 6000 años.
El terreno de Alto Hospicio se intermediaba como punto de descanso para quienes se dirigían a Ique Ique y su islote, uno de los puntos de interés de la explotación de guano y la extracción de mariscos.
En el caso de Huantajaya, la explotación minera se inició en el período séptimo Inca. El mineral obtenido era trasladado a través de caravanas de llamas hasta el Cuzco, donde se destinaba a la elaboración de joyas y piezas que eran utilizadas por la elite. La mina de Huantajaya, entregó mineral hasta el año 1600, en pleno período de la Conquista Española.
Otros hitos relevantes de la historia de Alto Hospicio, se relacionan con que en 1879 y durante la Guerra del Pacífico, las fuerzas peruanas en prevención a ser bombardeadas por la escuadra chilena, se habrían posicionado en los sectores de Alto Hospicio y Alto Molle, permaneciendo parte de la guarnición en los flancos del Cerro Dragón.
También, a principios del siglo XX, destaca la labor que desarrolló la estación de ferrocarriles de Alto Molle, que formó parte del ordenamiento territorial y administrativo de la zona.
Uno de los hechos relevantes y que marcó la historia de Alto Hospicio durante el siglo pasado, fue la creación del Grupo Mixto de Aviación N° 1, creado el 3 de marzo de 1926. La Fuerza Aérea comisionó a los capitanes Diego Aracena y Armando Castro, ubicar los terrenos más propicios para instalar la futura base aérea.
Dos años más tarde, comenzó el traslado del Grupo N° 1 a Alto Hospicio, denominándose Los Cóndores, ya que por el lugar aún solían volar esas aves. El primer comandante fue el mayor Armando Castro y su material de vuelo estaba constituido por 3 aviones Gipsy Moth (de enlace), 14 Curtiss Falcon (observación y ataque) y 16 Curtis Hawk (caza y ataque).
Asimismo, entre los años 50 y 80, Alto Hospicio se caracterizó por ser una localidad donde se concentraban las parcelas dedicadas a la horticultura y que proveían a Iquique. La mayoría de los parceleros corresponda a aymaras, los cuales seguían el modelo de la trashumancia y ocupación simultánea de pisos ecológicos.
Desde los años 80, la población de Alto Hospicio registró un aumento vertiginoso. Se sucedieron una serie de tomas de terrenos y la construcción de soluciones habitacionales. El explosivo crecimiento que experimento la comuna, obligó al gobierno a implementar una serie de políticas habitacionales y de infraestructura, tendiente a mejorar la calidad de vida de la población, muchos de los cuales llegaron desde otras regiones del país buscando oportunidades de empleo. Actualmente, la población de la comuna bordea los 110 mil habitantes, siendo los ejes productivos fundamentales el comercio, la agricultora, la microempresas e industria. Alto Hospicio, busca convertirse en la plataforma industrial de la Región de Tarapacá.